一是思想認識有待提高，工作落實不夠到位。有的地方和部門領導干部重發展、輕保護的觀念沒有轉變過來，認為新疆是經濟欠發達地區，依托煤炭、石油、礦產等資源優勢加快開發建設是大方向，過于強調環保不太現實。還有一些同志認為，新疆地廣人稀，沙漠戈壁多，環境承載力大，環境質量總體不錯，有點污染不容易顯現，不會有什么大的影響。正是由于上述思想認識問題，導致有的地方和部門在推進環境保護工作方面存在要求不嚴、落實不力等情況。
在淘汰落后產能方面，仍有屬于國家要求淘汰的產能沒有按期淘汰到位；在落實國家大氣和水污染防治行動計劃方面，存在放寬要求、放松標準的情況。特別一些部門存在環境保護不作為、亂作為的問題。自治區發展改革委未按國家要求如實上報違規電解鋁產能，未對電解鋁清理工作進行監督檢查，致使東方希望80萬噸和嘉潤20萬噸違規電解鋁產能建成并投產近2年；國土資源廳在自然保護區大量審批或延續礦權，2014年12月違規為吐魯番金源礦冶公司維權銅礦延續礦權，在自然保護區形成2.3萬平方米的礦坑，生態破壞問題突出。水利廳在2016年度水資源管理考核工作中避重就輕，未將地下水用水量等2項重要指標納入考核范疇。
二是局部區域大氣和水環境問題突出。烏魯木齊市2016年冬季采暖期可吸入顆粒物、細顆粒物、氮氧化物平均濃度較2014年大幅上升。全市建成區燃煤小鍋爐污染嚴重，米東區、高新區及水磨溝區“散亂污”企業關停整治不徹底。河東威立雅至今沒有建設除磷脫氮設施，每天近10萬噸超標污水排入老龍河。米東區政府及其相關部門違規同意中德豐泉、河東威立雅將污泥長期傾倒在北沙窩區域，不僅侵占破壞國家級公益林，而且帶來環境污染和隱患。昌吉州部分縣市執行鍋爐特別排放限值要求不到位，部分企業超標排放問題較多，2016年采暖期，下轄昌吉市、阜康市可吸入顆粒物平均濃度較2014年同期均大幅上升。
克拉瑪依市艾里克湖是自治區2015年批準的生態環境保護試點湖泊，但列入試點的治理工程進度滯后，底泥疏浚、圍欄禁牧等9個項目至今尚未下達資金，嚴重影響水質改善。在入湖水量增加近1倍的情況下，湖泊水質仍由2014年Ⅴ類下降為2016年劣Ⅴ類。巴州博斯騰湖列入國家良好湖泊生態保護試點，但相關治理項目進展緩慢，博湖縣、大河口景區等污水處理廠或超標排放或不正常運行，湖泊水質沒有達到預期治理目標。烏魯木齊市柴窩堡湖周邊長期超采地下水，嚴重影響湖泊補水，導致湖面面積大幅度縮小。
三是有的地方存在損害生態環境問題。2013年以來，博州國投公司參股博艾豐生物制品公司違規在艾比湖國家級自然保護區核心區開挖溝渠，捕撈鹵蟲，并取得分紅；博州水利局違規為博艾豐生物制品公司發放捕撈許可證，收取漁業資源增值保護費。礦山環境恢復治理滯后，全區已閉坑的礦山和政策性關閉的小煤礦、砂石粘土礦等礦山破壞面積達到2165平方公里，截至目前僅完成治理面積3.77%。吐魯番市艾維爾溝、昌吉州硫磺溝等地濫采濫挖問題突出，生態恢復嚴重滯后。
另外，新疆水資源極其短缺，但對國家地下水禁采、限采要求落實不力。烏魯木齊市米東區2016年2月被劃定為地下水嚴重超采區，但截至2017年7月，米東區仍有91家工業企業的149眼自備水井開采地下水，大量抽取地下水導致該區域地下水位出現下降。巴州庫爾勒市建成區2014年9月被劃定為地下水禁采區后，到目前為止，禁采規定仍沒有落到實處，2016年地下水水位較2013年下降2.18米，對全市生態環境構成較大威脅。
四是一些地方突出環境問題沒有得到解決。烏魯木齊米東化工工業園區19家鋼鐵鑄造企業，11家無環保手續、4家無污染治理設施。昌吉州呼圖壁天山工業園區至今未按要求建成污水處理廠，園區多家企業長期將污水違法排入園區外滲坑。烏拉泊飲用水源是烏魯木齊市主要地表飲用水水源地，但2013年以來，市政府及其發展改革、規劃等部門先后批準烏拉泊污水處理廠選址并建設在該飲用水水源二級保護區，并在其內設置排污口，對水源安全帶來嚴重威脅。
督察同時指出，新疆兵團有些師市環境保護主體責任落實不夠到位，管理機制尚不健全，局部地區生態環境問題較為突出。兵團發展改革委未將伊犁黑蜂自然保護區內的煤礦列入2016至2020年煤炭產能退出清單；工信委淘汰落后產能工作不力，哈密億樂焦化公司2臺5萬噸/年蘭炭生產裝置按要求應于2012年底前淘汰，但至今仍未淘汰到位；國土、旅游等部門2013年后仍在自然保護區內違規審批水電站、旅游等項目；林業局對自然保護區的日常管理嚴重缺位，對保護區大量存在違法違規項目不監管、不制止。
部分區域污染治理工作不夠有力。石河子市近年來陸續建成一大批能源化工企業，區域結構性污染問題日益突出。2014年后仍違規新建36臺每小時10蒸噸以下燃煤鍋爐；城中村大量供暖小鍋爐冬季污染問題突出。2016年全市空氣優良率較上年同比下降5.8%，2017年上半年細顆粒物平均濃度同比上升30%。五家渠市近年來火電裝機、電解鋁產能增長較快，煤炭消耗量持續增長。2016年，全市空氣優良率較上年下降10.4%，2017年上半年細顆粒物平均濃度同比上升12.5%。另外，蘑菇湖水庫主要接納石河子市生活污水和工業廢水，但石河子市2015年計劃建設的市污水處理廠提標改造和中水回用工程，直到督察進駐前才開工建設；城市污水收集管網不完善，每天約6萬噸生活污水無法處理直排環境；市化工新材料產業園中水回用設施未能發揮作用，每天約4000噸工業廢水直排水庫。正是由于相關治理工作緩慢，導致蘑菇湖水庫水質2013年以來持續為劣Ⅴ類。
一些突出環境問題長期沒有得到解決。新疆兵團4個省級自然保護區違法違規建設開發問題較多，奎屯河流域濕地省級自然保護區內有17座水電站在違規生產；永安壩濕地生態旅游區位于葉爾羌河中下游濕地省級自然保護區內，已違規建成碼頭、木棧道等設施。4家棉漿粕及粘膠纖維企業未按要求開展納污庫無害化治理工作，其中阿拉爾市富麗達纖維有限公司生產廢水違規排入納污庫，造成周邊環境污染。
督察要求，新疆自治區和新疆兵團要深入學習貫徹黨的十九大精神、習近平總書記生態文明建設思想和對新疆的重要指示，堅決扛起生態文明建設的政治責任，牢固樹立綠色發展理念，緊緊圍繞社會穩定和長治久安總目標，強化環境保護黨政同責和一崗雙責，狠抓生態文明建設和環境保護不放松。加強兵地環境保護統籌協調，著力解決突出環境問題，不斷筑牢西北生態安全屏障。依法依規嚴肅責任追究，對于督察中發現的問題，要責成有關部門進一步深入調查，逐一厘清責任，并按有關規定嚴肅問責。
督察強調，新疆自治區和新疆兵團應根據《環境保護督察方案(試行)》要求，分別研究制定整改方案，在30個工作日內報送國務院。整改方案和整改落實情況要按照有關規定及時向社會公開。
督察組還對發現的生態環境損害責任追究問題進行了梳理，已按有關規定移交新疆自治區黨委、政府和新疆兵團黨委、兵團處理。
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